El Orfeón Universitario de Málaga se encuentra constituído como Asociación Cultural, y tiene asimismo el carácter legal de Asociación Estudiantil dentro de la Universidad de Málaga desde finales de 2001. Con arreglo a esta situación, figura entre los fines estatutarios reconocidos por la Dirección General de Alumnos de la UMA, servir a la Universidad de Málaga como Coro Oficial para todos los actos oficiales y demás acontecimientos universitarios en los que ha venido participando desde 1974.

Con arreglo a sus Estatutos, la gestión del Orfeón Universitario se articula a través de los siguientes órganos:

• Asamblea General. Constituída por la totalidad de los coralistas, es el gran foro de debate. Se reúne al menos una vez al inicio del curso de modo oficial, y entre sus atribuciones se encuentra la planificación general de la temporada, la discusión y aprobación de los presupuestos y la elección democrática de los miembros de la Junta Directiva y de la Comisión Musical.

• Dirección Musical. Dirige los ensayos y las actuaciones, determinando los criterios de ejecución e interpretación de las obras, en estrecho contacto con otros órganos del Coro, en especial la Comisión Musical. Es secundado por el Director Adjunto, quien dirige al coro en ausencia del Director Titular.

• Junta Directiva. Constituye el centro operativo desde donde el Orfeón se organiza. Cubre todos los aspectos administrativos, jurídicos, presupuestarios, de planificación, relación  y  gestión, contactos, publicitarios, informativos, desplazamientos, etc. que permiten a una entidad como el Orfeón Universitario desarrollar la capacidad organizativa que implica la variedad de su nivel de actividades. La coordinación general corresponde a la Presidencia, e integra distintas vocalías con funciones específicas: Secretaría, Tesorería,  Relaciones Públicas, Prensa, Archivo ...

• Comisión Musical. Es el órgano que gestiona todo lo relacionado con la actividad puramente musical del Orfeón. Entre sus funciones está el establecimiento del repertorio a interpretar, la organización del sistema de ensayos y la realización de las pruebas de acceso a nuevos coralistas.