Asamblea General. Constituída por la totalidad de los coralistas, es el gran foro de debate. Se reúne al menos una vez al inicio del curso de modo oficial, y entre sus atribuciones se encuentra la planificación general de la temporada, la discusión y aprobación de los presupuestos y la elección democrática de los miembros de la Junta Directiva y de la Comisión Musical.

Dirección Musical. Dirige los ensayos y las actuaciones, determinando los criterios de ejecución e interpretación de las obras, en estrecho contacto con otros órganos del Coro, en especial la Comisión Musical. Es secundado por el Director Adjunto, quien dirige al coro en ausencia del Director Titular.

Junta Directiva. Constituye el centro operativo desde donde el Orfeón se organiza. Cubre todos los aspectos administrativos, jurídicos, presupuestarios, de planificación, relación  y  gestión, contactos, publicitarios, informativos, desplazamientos, etc. que permiten a una entidad como el Orfeón Universitario desarrollar la capacidad organizativa que implica la variedad de su nivel de actividades. La coordinación general corresponde a la Presidencia, e integra distintas vocalías con funciones específicas: Tesorería, Relaciones Públicas, Prensa, Archivos y Secretaría.

Comisión Musical. Es el órgano que gestiona todo lo relacionado con la actividad puramente musical del Orfeón. Entre sus funciones está el establecimiento del repertorio a interpretar, la organización del sistema de ensayos y la realización de las pruebas de acceso a nuevos coralistas.